Tahapan Konflik Ambon (1999-2004)

Pre Konflik

Terjadi pada kurun waktu masa peralihan pemerintahan otoriter (Rejim Orde Baru) ke Demokratis (Reformasi) bulan desember 1998 sampai dengan maret 1999. Konflik diawali dengan pertikaian pertikaian yang terjadi antara indivdu yang berbeda etnis dan agama di beberapa tempat di ambon dan Maluku. Akibat pertikaian-pertikaian tersebut muncul isu anti BBM ( Suku Buton, Bugis, Makassar), sehingga Suku Buton, Bugis, dan , Makassar keluar dari Ambon dan Maluku. Pemuka adat, kepala desa, tokoh agama, dan para camat di Ambon, Haruku, Saparua, dan Nusa Laut menandatangani kesepakatan damai di Markas Korem 174 Pattimura, Ambon. Satu Batalion TNI AD asal Makassar ditarik, diganti satu batalyon marinir dari Surabaya, satu batalion dari Purworejo, dan satu batalion dari Situbondo.

Konfrontasi

Terjadi selama kurun waktu Maret 1999 sampai dengan April 2000. Usaha-usaha perdamaian yang dilakukan dengan pembentukan tim khusus dan penandatanganan ikrar perdamaian pemimpin MUI Maluku, Gereja Katolik, dan gereja Protestan Ambon di Lapangan Merdeka, Ambon tidak berhasil menghentikan kerusuhan, sehingga kerusuhan terus berlanjut. Bahkan usaha-usaha dari tokoh pemerintah untuk membantu upaya rekonsiliasi dan pemulihan masyarakat Maluku juga tidak berhasil, soalnya kelompok RMS disebut-sebut terlibat. Menjelang tahun baru Maluku Utara menjadi ladang pembantaian. Penyerbuan beruturut-turut terjadi di Kecamatan Tobelo, dan Galela di Halmahera, Maluku Utara. Tablig akbar, latihan jihad dan seruan untuk berjihad ke Maluku dan Ambon mulai diserukan di daerah sekitar ibukota oleh tokoh-tokoh Islam.

Krisis

Terjadi dari bulan Juni 2000 sampai dengan Agustus 2001. Terjadi serangan balikdari kelompok putih (kelompok jihad) terhadap kelompok merah (masyarakat asli beragama Kristen). Gereja, asrama Brimob diserang dan dibakar serta gudang senjata dibakar, yang mengakibatkan ratusan jiwa melayang. Karena kejadian tersebut maka diberlakukan darurat sipil oleh Pemerintah di seluruh kepulauan Maluku seperti pemeberlakuan jam malam. Di mana-mana aparat keamanan masih terus patroli, dan berjaga di setiap perbatasan wilayah yang dianggap masih rawan konflik. Terjadi kontak senjata antara Batalyon Gabungan (Yon Gab) dan Marinir dengan sekelompok warga di kawasan perbatasan Batumerah-Mardika sehingga mengakibatkan 10 warga sipil tewas dan belasan lainnya menderita luka-luka berat dan ringan. Terjadi aksi penyusupan di rumah-rumah warga. Modusnya, orang-orang tak dikenal itu mendatangi rumah pada malam hari, lalu mengetuk pintu. Para penyusup itu akan membacok siapa saja yang membukakan pintu, tujuh warga meninggal dibacok dan 17 lainnya luka-luka, di samping dua penyusup tanpa identitas juga tewas. Sebuah bom meledak di sebuah warung makan di Ambon.

Outcome

Terjadi dari bulan April 2002 hingga September 2003. Jam malam dan darurat sipil masih diberlakukan. Kapolri Jendral Polisi Dai Bachtiar, di Ambon, mengatakan, status Darurat Sipil mungkin dicabut kalau daerah ini sudah memiliki Gubernur definitif. Karel Albert Ralahalu dan Mohammad Abdullah Latuconsina terpilih menjadi Gubernur dan Wakil Gubernur Maluku periode 2003-2009. Menko Polkam Susilo Bambang Yudhoyono dalam jumpa persnya mengatakan, Pemerintah segera mencabut status darurat sipil di Maluku menjadi tertib sipil.

Post Konflik

Terjadi mulai September 2003 sampai dengan April 2004. Maluku dinyatakan sebagai wilayah berstatus tertib sipil, setelah tiga tahun berstatus darurat sipil. Sejak peralihan status darurat sipil menjadi tertib sipil pada September 2003 di Provinsi Maluku, masyarakat menyerahkan 94 bom rakitan dan 77 unit senjata api rakitan kepada polisi dan TNI. Juru bicara Direktorat Jenderal Imigrasi Departemen Kehakiman dan HAM Ade Endang Dachlan mengatakan, Ketua Front Kedaulatan Maluku (FKM) Alex Manupputy melarikan diri dari Indonesia ke AS melewati jalur-jalur tidak resmi. Manuputty divonis empat tahun penjara terkait kasus makar. Pemilihan Umum Legislatif di Maluku berjalan aman dan tertib. Situasi serupa juga terjadi saat kampanye pemilihan, namun kerusuhan pecah kembali setelah polisi membubarkan massa yang sedang memperingati HUT RMS.