Pre Konflik
Terjadi pada kurun waktu masa peralihan pemerintahan otoriter (Rejim Orde Baru) ke Demokratis (Reformasi) bulan desember 1998 sampai dengan maret 1999. Konflik diawali dengan pertikaian pertikaian yang terjadi antara indivdu yang berbeda etnis dan agama di beberapa tempat di ambon dan Maluku. Akibat pertikaian-pertikaian tersebut muncul isu anti BBM ( Suku Buton, Bugis, Makassar), sehingga Suku Buton, Bugis, dan , Makassar keluar dari Ambon dan Maluku. Pemuka adat, kepala desa, tokoh agama, dan para camat di Ambon, Haruku, Saparua, dan Nusa Laut menandatangani kesepakatan damai di Markas Korem 174 Pattimura, Ambon. Satu Batalion TNI AD asal Makassar ditarik, diganti satu batalyon marinir dari Surabaya, satu batalion dari Purworejo, dan satu batalion dari Situbondo.